在处理海关拍卖和随后的费用抵扣问题时，关键是了解各方面的法律责任和费用结算顺序。这里的关键问题涉及到拍卖后价款的分配以及费用的优先级。

1、海关拍卖目的： 海关拍卖通常是为了收回因货物滞留所产生的公共费用，包括港口费用、仓储费用等。这些费用通常由于货物未能及时清关而累积。
2、拍卖收入的使用： 拍卖得到的收入首先用于支付海关和港口的相关费用。这包括仓储费、滞纳金、以及其他可能由于货物滞留所产生的费用。
3、剩余金额的处理： 如果拍卖后还有剩余的款项，这部分钱理论上应当返还给货物的原所有者，即货主。这部分款项是否能够用于支付集装箱超期费用，取决于相关法律规定及涉及各方的具体协议。

1、费用性质： 集装箱超期费用是船运公司对于使用其集装箱超出预定时间的额外收费。这种费用通常与货物是否成功清关无关，而是基于租用集装箱的时间长度。
2、支付责任： 责任方通常是货物的发货人或收货人，具体取决于运输合同或贸易条款。在大多数情况下，这是与船运公司直接相关的合同义务。
3、协商解决： 如果海关拍卖后的剩余款项不足以覆盖所有费用，或者根据法律规定不能用于支付集装箱超期费用，那么这部分费用需要通过与船运公司的协商来解决。在一些情况下，船运公司可能会同意减免部分费用或允许分期付款。

建议操作
(1) 法律咨询：建议咨询专业的法律顾问，了解希腊当地法律对于海关拍卖收入的使用规定，以及集装箱超期费用的法律责任。
(2) 与船运公司协商：主动与船运公司沟通，说明情况，寻求费用减免或延期支付的可能性。
(3) 审查合同：复查与船运公司以及货物卖方的合同条款，确认超期费用的责任方和支付条件。

通过以上措施，可以更合理地管理和应对由于货物滞留所产生的复杂费用问题。